Hva er RNA Gelelektroforese?

I biokjemi, er RNA gelelektroforese en vanlig metode anvendes for å analysere den biologiske molekyl kalt ribonukleinsyre (RNA). Gel elektroforese separerer molekyler etter størrelse og kostnad som de er "siktet" gjennom et ark laget av en geléaktig kjemisk substans. Denne prosessen er oftest anvendes i laboratorier for å analysere fragmenter av deoksyribonukleinsyre (DNA) eller RNA-molekyler som inneholder en organismes genetiske informasjon. RNA gel elektroforese er litt forskjellig fra DNA gel elektroforese i prosedyren, siden RNA-molekyler, i motsetning til DNA, er single-strandet kjedene som har en tendens til å kaste seg inn i strukturer. Dette gjør separasjon etter størrelse vanskeligere for RNA-fragmenter.

Det første trinnet i RNA-gelelektroforese er isolering av RNA-molekyler fra prøve biologiske celler. Prøven vev oppløses i en bestemt blanding av kjemikalier og renset for å fjerne enzymet RNase, proteiner, og DNA. Det er spesielt viktig at prøven ikke være forurenset med RNase på noe punkt i prosessen, fordi RNase katalyserer degradering av RNA-molekyler, noe som får dem til å bryte fra hverandre. Etter at prøven er renset, er det avkjølt, og en annen kjemikalie tilsettes for å gjøre den RNA-bunnfall, eller falle som et faststoff ut av oppløsningen. Prøven blir deretter satt inn i en sentrifuge som roterer den med høy hastighet, og isolerer det faste bunnfall i bunnen av prøverøret.

I en DNA eller RNA-gelelektroforese prosedyre, blir de rensede biologiske molekyler tilsatt til brønnene i en ende av en flat gel ark. En elektrisk strøm blir så ført gjennom gelen. Siden DNA- og RNA-molekyler er negativt ladet, blir de tiltrukket av den positive elektrode i den andre enden av gelen, og migrere gjennom porene i gelen mot den enden. Porene i gelen er av en fast størrelse, så mindre fragmenter av DNA eller RNA vandrer hurtigere enn større fragmenter, som har flere problemer med å navigere gjennom den porøse matrise.

Etter at gelen har vært drevet for en viss mengde tid, er den elektriske strømmen slås av og resultatene er undersøkt. DNA eller RNA-molekyler kan være farget og gjort synlig ved dette punktet. Hvert fragment vil fremstå som et band på et annet punkt i gel, avhengig av hvor langt det var i stand til å migrere gitt sin størrelse. Separasjon av fragmenter av størrelse kan være nyttig i å sammenligne prøvene, som i etterforskning, for å finne ut om det er en kamp - identiske prøver vil ha identiske bandet mønstre.

I RNA gelelektroforese, er det ytterligere trinn denaturering nødvendig før gelen kan kjøres. Under normale forhold, vil RNA-molekyler klumpe seg eller folde inn sekundære strukturer, noe som påvirker mobiliteten av RNA-fragmenter gjennom gelen. For å hindre at dette skjer, må RNA prøven bli denaturert ved å tilsette en kjemisk, som for eksempel formaldehyd, til prøven og gelen.

  • Labs bruke gelelektroforese for å analysere RNA-fragmenter.